病原体検出マニュアル

病原体検出マニュアルは、感染症法に基づいて感染症の報告がなされる際の検査の標準化のために、国立感染症研究所と全国地方衛生研究所の共同作業で作成されたものであり、感染症対策に係る行政対応における大きな根拠となっております。本マニュアルを使用し、常に評価し、科学の進歩にあったものに改善していくことが常に求められています。

更新情報

2025年4月7日　5類感染症　の「薬剤耐性菌感染症」（ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、バンコマイシン耐性腸球菌感染症、薬剤耐性緑膿菌感染症、薬剤耐性アシネトバクター感染症）を更新しました
2025年4月7日　5類感染症　の「カルバペネム耐性腸内細菌目細菌感染症」を更新しました
2025年4月1日　2類感染症　の鳥インフルエンザ（H7N9）のページへのリンクを追加しました
2025年3月26日　4類感染症　の「レジオネラ症」を更新しました
2025年2月25日　5類感染症　の「後天性免疫不全症候群」を更新しました
2025年2月18日　3類感染症　の「コレラ」を更新しました
2025年2月18日　1類感染症　の「エボラ出血熱」を削除しました
2025年2月18日　1類感染症　の「マールブルグ病」を削除しました
2025年2月14日　5類感染症　の「麻しん」・「風しん」の「麻しん・風しん同時検査法」マニュアルを更新しました
2025年2月3日　5類感染症　の「咽頭結膜熱」・「流行性角結膜炎」を更新しました
2025年1月20日　4類感染症　の「野兎病」を更新しました
2024年12月12日　4類感染症　の「鼻疽」を更新しました
2024年12月12日　4類感染症　の「類鼻疽」を更新しました
2024年11月15日　4類感染症　の「炭疽」を更新しました
2024年8月27日　3類感染症　の「腸管出血性大腸菌感染症」を更新しました
2024年5月20日　5類感染症　の「感染性胃腸炎 –ロタウイルス–」を更新しました
2024年5月2日　4類感染症　の「重症熱性血小板減少症候群（病原体がフレボウイルス属SFTSウイルスであるものに限る。）」を更新しました

2023年度以前の更新履歴

1類感染症

エボラ出血熱
クリミア・コンゴ出血熱
痘そう
南米出血熱
ペスト（PDF：620KB）　2012年5月版
マールブルグ病
ラッサ熱

2類感染症

急性灰白髄炎（ポリオ）（PDF：731KB）　2012年10月版
結核
- （関連疾患）ハンセン病（PDF：255KB）　2011年8月版
ジフテリア（PDF：284KB）　2020年11月版
重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属SARSコロナウイルスであるものに限る）（PDF：253KB）　2004年10月版
中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属MERSコロナウイルスであるものに限る。）
鳥インフルエンザ（H5N1）（PDF：1.1MB）　2012年3月版
鳥インフルエンザ（H7N9）　2013年6月更新

3類感染症

インフルエンザ（鳥インフルエンザ及び新型インフルエンザ等感染症を除く）（PDF：2.9MB）　2023年8月版
新型コロナウイルス感染症（（病原体がベータコロナウイルス属のコロナウイルス（令和二年一月に中華人民共和国から世界保健機関に対して、人に伝染する能力を有することが新たに報告されたものに限る。）であるものに限る。）

　-新型コロナウイルス感染症　2020年3月版

　　病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.9.1

　　検査法の運用について（第3版）

　　「感染研・地衛研専用」SARS-CoV-2 遺伝子検出・ウイルス分離マニュアル

　　検出事例20201210_1（図付き）

　-新型コロナウイルスゲノム解析　2022年2月版

　　Qiagen 社 QiaSEQ FX 編 version 1.4

　　Oxford Nanopore Mk1c & NEB 社 ARTIC SARS-CoV-2 Companion Kit (ONT) 編 version 1.6

急性出血性結膜炎
流行性角結膜炎（PDF：1,110KB）　2025年2月版

クラミジア肺炎（オウム病を除く）
細菌性髄膜炎（髄膜炎菌、肺炎球菌、インフルエンザ菌を原因として同定された場合を除く。）（PDF：14.4MB） 2011年9月版　
マイコプラズマ肺炎（PDF：4.4MB）　2011年9月版
無菌性髄膜炎
- エンテロウイルス（PDF：795KB）　2024年3月版
- パレコウイルス（PDF：1MB）　2024年3月版
ペニシリン耐性肺炎球菌感染症（PDF：2.9MB）　2025年4月版
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌感染症（PDF：2.5MB）　2024年3月版
薬剤耐性緑膿菌感染症（PDF：2.9MB）　2025年4月版

その他

進行性多巣性白質脳症（PDF：298KB）　2012年8月版

2023年度以前の更新履歴

2024年3月28日　5類感染症　の「百日咳」を更新しました
2024年3月21日　5類感染症　の「薬剤耐性菌感染症」（ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、バンコマイシン耐性腸球菌感染症、薬剤耐性緑膿菌感染症、薬剤耐性アシネトバクター感染症、カルバペネム耐性腸内細菌目細菌感染症）を更新しました
2024年3月18日　5類感染症　の「メチシリン耐性黄色ブドウ球菌感染症」を更新しました
2024年3月18日　5類感染症　の「バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症」を追加しました
2024年3月15日　5類感染症　の無菌性髄膜炎：「エンテロウイルス」を更新しました
2024年3月15日　5類感染症　の無菌性髄膜炎：「パレコウイルス」を追加しました
2024年1月12日　5類感染症　の「劇症型溶血性レンサ球菌感染症」を更新しました
2024年1月12日　5類感染症　の「A 群溶血性レンサ球菌咽頭炎」を更新しました
2023年8月29日　5類感染症　の「インフルエンザ（鳥インフルエンザ及び新型インフルエンザ等感染症を除く）」を更新しました
2023年8月7日　5類感染症　の「RSウイルス感染症」を更新しました
2023年7月4日　5類感染症　の「手足口病」を更新しました
2023年6月1日　4類感染症　の「エムポックス」を更新しました
2023年5月27日　4類感染症　の「エムポックス」を更新しました
2023年5月27日　4類感染症　の「サル痘」の名称を「エムポックス」に変更しました
2023年5月27日　5類感染症　の「カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症」の名称を「カルバペネム耐性腸内細菌目細菌感染症」に変更しました
2023年5月9日　新型コロナウイルス感染症を　5類感染症　に移動しました
2023年1月27日　4類感染症　の「コクシジオイデス症」を更新しました
2023年1月27日　5類感染症　の「播種性クリプトコックス症」を更新しました
2023年1月6日　5類感染症　の「咽頭結膜熱」・「流行性角結膜炎」を更新しました
2023年1月4日　5類感染症　の「手足口病」を更新しました
2022年11月22日　3類感染症　の「コレラ」を更新しました
2022年11月16日　3類感染症　の「コレラ」を更新しました
2022年10月28日　3類感染症　の「コレラ」を更新しました
2022年10月6日　3類感染症　の「腸管出血性大腸菌感染症」を更新しました
2022年10月3日　5類感染症　の「麻しん」を更新しました
2022年10月3日　5類感染症　の「風しん」を更新しました
2022年10月3日　5類感染症　の「先天性風しん症候群」を更新しました
2022年10月3日　5類感染症　の「麻しん」、「風しん」の「麻しん・風しん同時検査法」マニュアルを追加しました
2022年8月12日　5類感染症　の「RSウイルス感染症」を更新しました
2022年8月5日　4類感染症　の「サル痘」を更新しました
2022年6月17日　4類感染症　の「サル痘」を追加しました
2022年5月18日　5類感染症　の「アデノウイルス下痢症」を更新しました
2022年4月26日　3類感染症　の「腸管出血性大腸菌感染症」を更新しました
2022年2月9日　4類感染症　の「狂犬病」を更新しました
2022年2月3日　新型コロナウイルスゲノム解析マニュアルを更新しました
2022年1月31日　4類感染症　の「狂犬病」を更新しました
2022年1月4日　5類感染症　の「侵襲性インフルエンザ菌感染症」を追加しました
2021年12月6日　4類感染症　の「ブルセラ症」を更新しました
2021年11月9日　新型コロナウイルスゲノム解析マニュアルを追加しました
2021年9月17日　3類感染症　の「腸チフス」「パラチフス」を更新しました
2021年9月8日　3類感染症　の「腸管出血性大腸菌感染症」を更新しました
2021年7月16日　5類感染症　の「感染性胃腸炎 –サポウイルス–」を追加しました
2021年4月23日　5類感染症　の「侵襲性肺炎球菌感染症」を追加しました
2021年2月23日　「感染研・地衛研専用」SARS-CoV-2 遺伝子検出・ウイルス分離マニュアルを更新しました
2020年12月25日　5類感染症　の「侵襲性髄膜炎菌感染症」を更新しました
2020年12月11日　5類感染症　の「破傷風」を更新しました
2020年11月9日　2類感染症　の「ジフテリア」を更新しました
2020年9月28日　3類感染症　の「腸チフス」「パラチフス」を更新しました
2020年9月10日　5類感染症　の「百日咳」を更新しました
2020年9月8日　5類感染症　の「ウイルス性肝炎（E型肝炎及びA型肝炎を除く）」を追加しました
2020年9月4日　4類感染症　の「レジオネラ症」を更新しました
2020年8月12日　4類感染症　の「重症熱性血小板減少症候群（病原体がフレボウイルス属SFTSウイルスであるものに限る。）」を追加しました
2020年6月12日　5類感染症　の「RSウイルス感染症」を追加しました
2020年6月4日　5類感染症　の「薬剤耐性菌感染症」（メチシリン耐性黄色ブドウ球菌感染症、ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、バンコマイシン耐性腸球菌感染症、薬剤耐性緑膿菌感染症、薬剤耐性アシネトバクター感染症、カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症）を更新しました
2020年4月17日　「新型コロナウイルス感染症」をポータルページに変更し、「検査法の運用について（第3版）」を追加しました
2020年3月31日　4類感染症　の「コクシジオイデス症」を更新しました
2020年3月24日　5類感染症　の「感染性胃腸炎 –アデノウイルス下痢症–」を追加しました
2020年3月19日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年3月18日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年3月5日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年3月5日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年2月25日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年2月17日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年2月15日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年2月14日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年2月12日　5類感染症　の「麻しん」「風しん」に付属資料「系統樹作成用の参照株FASTAフォーマット」を追加しました
2020年2月6日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を更新しました
2020年2月4日　指定感染症　の「新型コロナウイルス感染症」を追加しました
2020年1月9日　4類感染症　の「Bウイルス病」を更新しました
2019年12月16日　4類感染症　の「炭疽」を更新しました
2019年11月22日　5類感染症　の「後天性免疫不全症候群」を更新しました
2019年10月15日　5類感染症　の「髄膜炎菌性髄膜炎」を更新しました
2019年9月25日　3類感染症　の「腸管出血性大腸菌感染症」を更新しました
2019年7月4日　5類感染症　の「風しん」を更新しました
2019年6月28日　4類感染症　の「つつが虫病」「日本紅斑熱」「ロッキー山紅斑熱」を追加しました
2019年6月19日　5類感染症　の「感染性胃腸炎 –ロタウイルス–」を更新しました
2019年6月11日　5類感染症　の「感染性胃腸炎 –ノロウイルス–」を追加しました
2019年1月16日　5類感染症　の「インフルエンザ（鳥インフルエンザ及び新型インフルエンザ等感染症を除く）」を更新しました
2018年12月7日　5類感染症　の「播種性クリプトコックス症」を追加しました
2018年12月7日　4類感染症　の「A型肝炎」を追加しました
2018年12月7日　4類感染症　の「E型肝炎」を追加しました
2018年10月31日　5類感染症　の「後天性免疫不全症候群」を更新しました
2018年10月25日　5類感染症　の「後天性免疫不全症候群」を更新しました
2018年2月22日　5類感染症　の「手足口病」「ヘルパンギーナ」「無菌性髄膜炎」を更新しました
2017年12月13日　各マニュアルの更新月を追記しました　
2017年9月11日　5類感染症　の「クリプトスポリジウム症・ジアルジア症」を更新しました
2017年8月1日　5類感染症　の「風しん」を更新しました
2017年3月31日　5類感染症　の「麻しん」を更新しました
2017年3月3日　3類感染症　の「腸管出血性大腸菌感染症」と5類感染症　の「咽頭結膜熱・流行性角結膜炎」を更新しました
2017年2月13日　4類感染症　に「ニパウイルス感染症およびヘンドラウイルス感染症」を追加しました
2016年12月26日　「耐性菌検出マニュアル」の35頁表3の増幅産物サイズ標記修正に伴い、同マニュアルをバージョンv1.1に改訂しました
2016年12月16日　5類感染症　に「カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症」を追加しました
2016年3月10日　4類感染症　に「ジカウイルス感染症」を追加しました

病原体検出マニュアル

更新情報

マニュアル一覧（PDFファイル）

1類感染症

2類感染症

3類感染症

4類感染症

5類感染症 全数把握

5類感染症 定点把握

その他

2023年度以前の更新履歴

5類感染症　全数把握

5類感染症　定点把握